世界卫生组织(WTO)疟疾项目的负责人抱怨盖茨梅琳达基金会在疟疾研究上的影响力过于强大，消减了该部门的政策制定功能，让科学多样性趋于停滞。 在一份备忘录上，负责疟疾项目的Arata Kochi向他的上司、WTO总干事陈冯富珍抱怨，盖茨基金会的金钱确实很重要，但可能会导致深远的、很大程度上并非故意的后果。盖茨基金会采用了异乎传统的策略和方法，那些曾经开放研究成果的科学家出于基金会的财政激励制度而封闭起来，既得利益者紧紧保护着自己的研究。独立的研究提议评论变得越来越困难。金钱统治下的科学家也对WTO的异议进行了激烈的反对，对于Kochi的备忘录观点部分专家表示了赞同，一些科学家私下里称盖茨基金会正在打造自己的WTO。

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